La rivitalizzazione del porto di Rio de Janeiro lo reintegra con il centro della città. Nuove strutture culturali come il Museu do Amanhã renderanno quest’area una delle zone più belle della città. Rispettando e integrando i monumenti storici vicini, come il Mosteiro de São Bento do Rio de Janeiro, l’involucro del museo sale di solo 18 metri dal livello del molo. Ciò consente una disposizione del programma su due livelli, mantenendo quanto più spazio possibile per i giardini pubblici. Il piano superiore, pensato per mostre a lungo termine, è caratterizzato da un soffitto spettacolare alto oltre 10 m e offre una vista panoramica sulla baia di Guanabara.

Il piano inferiore ospita ambienti tecnici, come ad esempio gli uffici amministrativi del museo, le strutture educative, lo spazio di ricerca, un auditorium, un negozio, un ristorante, la hall, gli archivi, il magazzino e una zona di consegna. Il tetto a sbalzo, con le sue grandi ali mobili, e la struttura di facciata espandono quasi tutta la lunghezza del molo sottolineando l’estensione nella baia di Guanabara, e riducendo al minimo la larghezza dell’edificio. Una vasca d’acqua che circonda l’edificio sul lato esterno – usata per filtrare l’acqua che viene pompata dalla baia e rilasciata alla fine del molo – offre ai visitatori l’impressione che il museo galleggi. L’edificio è orientato in direzione nord-sud, fuori centro rispetto all’asse est-ovest del molo, valorizzando un paesaggio continuo con i giardini, i percorsi pedonali e le aree di svago per tutta la lunghezza del molo. Una passerella intorno al perimetro del molo permetterà ai visitatori di circumnavigare il museo, ammirando le viste panoramiche del Monastero di Sao Bento e la baia di Guanabara.